日前，一家药品生产企业的财务部经理告诉笔者，为适应企业做大做强的需要，他们公司今后将进一步拓展外地药品零售业务，投资设立几家药品连锁超市，意向洽谈正在紧张进行中。同时，根据公司聘请的常年税务顾问提出的税收筹划方案，新设立的药品连锁超市将由公司总部统一缴纳增值税、企业所得税。
我国为了支持连锁经营企业的发展，也制定了相关的优惠政策。在1997年，财政部、国家税务总局就联合下发了《关于连锁经营企业增值税纳税地点问题的通知》（财税字[1997]97号），通知规定：跨地区经营的直营连锁企业，即连锁店的门店均由总部全资或控股开设，在总部领导下统一经营的连锁企业，采取微机联网，实行统一采购配送商品，统一核算，统一规范化管理和经营，经过报批后，连锁经营企业可以由总部向所在地税务机关统一缴纳增值税。这一规定，突破了流转税就地缴纳的原则，使连锁企业可以很好地调控增值税进销项税额，平衡各企业的增值税税负。
2003年初，财政部、国家税务总局又联合下发了《关于连锁经营企业有关税收问题的通知》（财税[2003]1号），对连锁企业所得税缴纳问题作了进一步明确院对内资连锁企业省内跨区域设立的直营门店，凡在总部领导下统一经营，与总部微机联网并由总部实行统一采购配送、统一核算、统一规范化管理，且不设银行结算账户、不编制财务报表和账簿的，由总部向其所在地主管税务机关统一缴纳企业所得税遥对从事跨区域连锁经营的外商投资企业，由总机构向其所在地主管税务机关统一缴纳企业所得税。可以这么说，药品连锁超市作为一种典型的连锁经营企业，企业统一纳税除可以调控增值税外，明显的好处是各企业间的盈亏能够互抵，避免了有的企业因经营效益好需要缴纳大量的所得税，而有的企业因亏损难以继续经营现象的发生。
然而，新设立的药品连锁超市由总部统一缴纳增值税、企业所得税是有条件限制的。如跨地区设立的药品连锁超市，由企业统一缴纳增值税、企业所得税仅限于直营门店，而且必须符合上述文件规定的条件，方可实行由总部向其所在地主管税务机关统一申报缴纳增值税、企业所得税。至于自愿连锁、特许连锁，实行独立核算，其纳税地点仍由各独立核算企业分别向所在地主管税务机关申报缴纳增值税、企业所得税。
同时，并非所有药品连锁超市实行统一纳税都划算，在一些特殊情况下统一纳税可能就不划算，连锁经营企业应该实事求是地分析问题，进行纳税筹划。例如企业在外地设立药品连锁超市进行经营扩张时，预计当年就可以实现可观的利润，且招聘的企业员工中有较多的随军家属，就要充分利用政府鼓励安置随军家属可以享受税收优惠政策这一有利因素进行筹划。根据财政部、国家税务总局联合下发的《关于随军家属就业有关税收政策的通知》（财税[2000]084号）规定，对安置随军家属就业占企业总人数的60％（含）以上的新开办企业，自领取税务登记证之日起，三年内免征营业税、企业所得税。要是企业采取了直营门店的方式实行统一纳税，新设立的连锁超市将因为不是独立核算的企业，就无法享受这样的税收优惠。在这种情况下，药品总部在投资决策时就需要认真比较一下统一纳税和分开纳税哪个对企业发展更有利。
有关专业人士认为，纳税筹划不宜千篇一律，应视具体情况而定，如果新设立的连锁超市经营之初利润较多，还是等新办的药品超市享受三年优惠以后再谋求统一纳税较为合算。
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